时常州败寇窜徽州，我军击破之。馀窜江西，围玉山，副将刘明珍等阵斩珊天安等，毙寇二千。李侍贤越金谿犯抚州河东湾，猛攻东门，为我军击退。忽突起攻桥，环呼城中内应，冀乱我军，刘于淳炮毙多名，馀遁金溪，城围立解。伪列王林彩新窜江西弋阳，我军追抵湖西，挥军抄击，寇败窜黄沙港。对岸杨家坡寇党从上游渡寇千馀来援，诸军沿河截击，鏖战逾时，寇始蹙，多落水死。
侍贤等先后由浙犯徽，由徽入江西。江阴杨舍及常州城外之寇，由丹阳、湖州上窜徽南，其酋为林彩新及伪麟王朱某、伪爵潘忠义等，从昌化进老竹岭，阑入歙境。唐义训伏兵锺塘岭后，以五营进，遇寇大战，伏起，歼其前锋。时金国琛等行抵富阳，隔河而屯，寇众列山冈上下，我军俟寇涉水将半，突出奋击；唐义训尾而至，夹击之，寇不支，遁向黄山小路。我军驰抵五弓桥，再败寇，因循河埋伏兵。寇正渡时，伏突起，寇大惊乱，生擒林彩新等十名，阵斩潘忠义等十四酋，死亡者二万馀人。
是月洪秀全以金陵危急，服毒死。群酋用上帝教殓法，绣缎裹尸，无棺椁，瘗伪宫内，秘不发丧。其子年十六，袭伪位。秀全生时即号其子为幼主，或曰本名天贵福。其刻印称洪福，旁列“真王”二文，误合为“瑱”，其称洪福瑱以此。然谛观印文，实“真主”二小字，非真王也。
时湖州寇方窜湖滨杨氵娄大钱口，潘鼎新分军屯南浔，而寇恃长兴为声援。长兴在湖州西，毗连宜兴、溧阳及广德州。宗棠贻书鸿章，移嘉兴之师助攻长兴。鸿章遣诸军分道往取，水师入夹浦口。五月，鼎新进紥吴氵娄，水师破平夹浦石垒。鼎新连破吴氵娄、殷渎村，毁其卡垒。郭松林毁长兴城东上莘桥、跨塘桥寇垒。湖州、广德、四安寇率数万分路来援，依山筑垒，绵亘林谷。松林等击湖州援寇，刘士奇击广德、四安援寇，寇垒悉平毁，歼溺万馀人。而湖北广德寇复添拨大股折回，我军乘贼众喘息未定，合力痛剿，追杀二十馀里，寇乃远遁。我军乘夜攻城，以炸炮轰塌城垣十馀丈，松林等首先冲入，遂复长兴县城。
江西贵溪盛源洞等处寇分踞小巷一带，筑垒修卡，我军饬炮船驰赴黄土墩，以枪炮击之，寇仓皇败窜，水陆诸军扑卡而入，擒斩多名，寇大溃。贵溪寇垒一律肃清。浙军进规湖州，攻复孝丰县城，生擒伪感王陈荣，毙千馀。是月伪扶王陈得才等合捻窜扰孝感、云梦等县。
上以江宁垂克，而河南捻犯麻城、皖城，深入江西，恐掣全局，趣国荃迅取金陵。国荃进攻锺山龙脖子，寇所称地保城也。我军自得伪天保城后，城寇防守益严。是城扼建要害，寻为李祥和所破。国荃筑炮台其上，日发巨炮轰击，居高临下，全城形势皆在掌中。六月十六日，国荃饬诸军发太平门地雷，塌城垣二十馀丈，前敌总兵李臣典、朱洪章等九人先登，诸将分门合力，攻克江宁省城，获伪玉玺二方、金印一方。是夜，寇自焚伪天王府，秀成携秀全幼子从城垣倒口遁去，并以己马与之乘以行。国荃令闭门封缺口，搜杀三日，毙寇十馀万，凡伪王以下大小酋目约三千馀。最后城西北隅清凉山伏寇数千出与官军死战，卒歼之。其伪天王府妇女多自缢，及溺城河而死。国荃派马队追至淳化镇，生擒伪列王李万才。其自城破后逸出者，洪秀全之兄伪巨王、伪幼西王、伪幼南王、伪定王、伪崇王、伪璋王悉为马队杀毙。萧孚泗搜获李秀成及洪仁发、洪仁达於江宁天印山，搜掘洪秀全尸於伪宫，戮而焚之。国藩亲讯秀成等，供谳成，骈诛於市。
七月，鲍超连克东乡、金谿，杨岳斌等连克崇仁、宜黄，潘鼎新会克湖州，杨昌濬等克安吉，斩伪驸马列王徐朗。寇并窜广德、长兴，守军吴毓芬克四安镇，刘铭传克广德。初，秀全幼子自江宁出亡，悍党卫至州城；至是城克，伪昭王黄文英等挟之走宁国。八月，唐义训等败湖州馀寇於歙县，歼酋目伪幼孝王等九人。连日刘光明等大破寇於昌化、淳安，伪堵王黄文金、伪偕王谭体元伏诛。李远继挟秀全幼子奔江西广信，於是浙江平。
初，秀全幼子及黄、李诸酋由宁国趋昌化之白牛桥，谭酋及伪乐王之子莫桂先、伪首王范汝增等由宁国趋淳安威坪，约同窜徽境，众尚十数万。刘光明击白牛桥寇，黄酋中炮死，弟文英代领其众，踉跄西奔。黄少春斩谭体元於洪桥，并诛莫桂先等酋百五十馀人。刘明珍率所部由淳化上趋，值黄文英、李远继来犯，明珍偕魏喻义等分兵御之，创黄文英於阵。李远继挟秀全幼子遁至徽、歙之交。寇由建口渡河，我军乘其半济击之，大溃，斩伪列王邱国文等，收降卒六千馀。馀党向积溪而逸。其已度建口者，窜至遂安，黄少春等复击走之。伪列王刘得义、萧雅泗等率二万人投诚。洪氏势益孤，乃由遂安昏口遁走开化，窜入江西。