十月，我军连复上虞、嵊县、新昌。宗棠屡攻龙游、汤谿、兰谿、严州诸处，破垒卡三十馀，惟附城诸垒不可破。寇以死守城，穴墙开炮，军士多伤亡。龙游、汤谿两城为金华要道，必两城下，后路清，而后可攻金华。兰谿一水直达严州，必兰谿下，饷道通，而后可收严郡。此三城者，所谓如骨之梗在喉也。十一月，寇窜太平、黟县，进陷祁门，将窥伺江西饶州、景德。宗棠恐阻粮路，檄军助剿，未至而祁门已克。魏喻义攻严州，严州形势，外通怀宁，内达杭州。宗棠援浙，谋首下严州，而寇在三衢，图犯江西，断我饷道。乃先清衢郡，饬刘典攻兰谿以分寇势，踞寇伪朝将谭富与兰谿谭星为兄弟，互相首尾。喻义屯铜关，据险设卡。谭富纠桐庐、浦江诸寇屡来犯，喻义伏兵钟岭脚，歼寇前锋，寇惊还，闭城固守。是夜我军梯城而入，歼寇万馀，立克府城，焚船三百馀艘，获伪印二百九十三颗，馀弃械投诚。
是时绍兴伪首王范汝增、伪戴王黄呈忠、伪梯王练业绅率大股由诸暨、东阳、义乌、永康西窜金华，号称十万，以援汤谿、龙游。分党窜武义，林文察败之。丹阳、句容寇窜镇江，冯子材督军大破於丁村、薛村诸处。寇踞常熟、昭文二县以窥江北。距城十八里有福山者，为江南重镇，与江北狼山镇对峙，由江入海之锁钥也。二县守寇钱桂仁、骆国忠、董正勤与太仓酋钱寿仁密通款我军，李鹤年攻城，寇约内应。国忠夜饮桂仁酒，就座斫杀伪冯天安钱嘉仁、伪逮天福姚得时，以城降。明日，会水师周兴隆破平福山浒，白、徐六泾诸海口寇垒，进规太仓，而苏州内应事泄。谭永光悉众争常熟，招江阴、无锡寇六七万来会，又令杨舍寇乘隙陷福山。官军固守常、昭。
十二月，寇围而攻之，团勇溃。周兴隆告急，鸿章遣援，而江阴杨厙寇已窜福山各口阻援师；遣常胜军及水师攻福山口河西寇垒不下。寇攻常熟急，西北门营垒已失，常胜军阻寇福山不得达。李鹤年攻太仓，寇援甚众，亦难骤进。鸿章增调浦东军由海道绕赴福山，会师援剿。鹤年等自望仙桥进攻太仓，败之。时蒋益澧攻汤谿不下，刘璈会攻兰谿寇垒亦失利，刘典合水陆进攻，寇坚伏不出。龙游、汤谿援寇適大至，乘间西趋扰江、皖，益澧等迎击汤谿援寇於金华白龙桥，大创之。伪扶王陈得才、伪端王蓝成春、伪增王赖文光、伪顾王梁成富、伪主将马融初，皆陈玉成悍党也。玉成命北犯牵掣官军，而得才见庐州被围急，欲南援，为防军所扼，奔窜於河南、湖北、山、陕之间，与诸捻合，遂成流寇。
二年正月，秀成调集常州、丹阳诸寇屯江宁下关、中关，号二十万，自九洑洲陆续渡江，意欲假道皖北，窜扰鄂疆，截断江、皖各军运道，图解江宁之困，盖近攻不如取远势也。既渡江，陷浦口，李世忠退入江浦。伪匡王赖文鸿、伪奉王古隆贤、伪襄王刘官方纠合花旗广寇数万围泾县。鲍超自宁国驰援，诱之入伏，寇败还垒，而垒已为我军所焚，寇大奔，立解城围。及还军，而西河寇乘虚犯垒，见超帜，仓皇遁去。蒋益澧、康国器克汤谿，金华寇恃汤谿、龙游、兰谿三城为犄角，我军攻汤谿，寇势渐蹙。伪朝将彭禹兰诣营乞降，益澧令内应，诱诛伪天将李尚扬等八名。是夜彭禹兰启西门纳军，杀九千馀，城寇遂尽。伪戴王黄呈忠、伪首王范汝增、伪梯王练业绅自白龙桥退奔金华，龙游寇闻风而遁，左宗棠收之，刘典收兰谿，高连升等收金华，而武义、永康、东阳、义乌、浦江皆相继收复。
浙东败寇从於潜、昌化越丛山关，窜皖南绩溪，复逾箬岭，归旌德，并句容、太平大股麕集石埭，谋西上。建德大震，江西饶州、九江边亦急。刘典等克诸暨，谭星自浦江败后，窜踞桐庐，宗棠饬刘培元会水军合击之，遏其西趋。蒋益澧乘势进攻绍兴，提督叶炳忠会英、法军克之。败寇万馀，与桐庐踞寇沿江筑垒抗拒，我军水陆合攻，遂复桐庐。萧山寇亦窜走，浙东肃清。
左宗棠遣益澧进攻杭州。先是杨辅清纠合群党，啸聚西河、红杨树、麒麟山一带，十馀万人，以一大股抄出高祖山，先以一小队绕过山背，扬言上犯泾县，实欲图鲍超老营。二月，寇分三四万众围高祖山八营，鲍超分军三路，伏兵茯苓山傍以断其后。战逾时，寇譁乱奔，近茯苓山，伏起，寇骇惧，遂平高岭、周家桥、马家园、小淮窑诸垒。寇之由河西遁入湾沚者，为水师击败，并入梅岭、麒麟山。鲍超遣将分攻之，积尸若阜，并收复仰贤圩各处，馀分道窜逸。伪怀王周逆等纠众窜至句容城外，会合丹阳伪效天义陈酋，图由九洑洲北渡。冯子材扼桥据险，分队进攻，直趋牧马口，沿村十馀里敌卡林立，官军直突，屹不稍动。守备李耀光阵斩执旗寇，捣中坚，官军无不以一当百，立毁牧马口敌卡。东湖寇亦败溃，进毁南路柏林村老巢，斩陈酋马下，即四眼狗玉成之叔也，寇骇奔，向西南窜走。