杨秀清遣伪丞相吉文元由浦口窜亳州，偕林凤祥陷永城，犯开封。省官兵击破之，又败之汜水。寇奔黄河渡口，溺死无算。杨秀清遣伪豫王胡以晃陷安庆，又遣伪丞相赖汉英、石祥祯攻九江、湖口，进围南昌。湖北按察使江忠源驰援江西，入城固守。凤祥等自汜水败退，犯郑州、荥阳。六月，围怀庆，以地道攻城，不克。镇江寇出城扑我军，战北固山下，伏寇纵火，七营皆被焚。邓绍良退守丹阳，都司刘廷锳等督潮勇驰援。寇退入城，复扰丹徒镇，刘廷锳复击退之。向荣檄总兵和春与刘廷锳紥徒阳运河之新丰镇，寇始不敢南窜，常州获安。寇之围怀庆也，立木栅为城，深沟高垒，我兵相持几至六旬。讷尔经额亲督诸将分五路攻垒，毁其木栅，毙敌酋吉文元。凤祥受重创，解围而遁，河北肃清。
八月，凤祥窜山西，陷平阳，直抵洪洞；窜直隶，踞临洺关，扰至深州。赖汉英等解南昌围，入湖北，踞田家镇之半壁山。九月，踞入楚要隘，水陆并进，陷黄州。其窜深州者，旁扰栾城。十月，窜天津，踞静海，屯独流、杨柳青诸镇。汉阳之寇，分股北窜：一陷孝感、黄陂诸县，一由应城犯德安府，为防兵所遏，合众退黄州。秦日纲等陷安徽桐城、舒城，侍郎吕贤基死之。舒城既失，贼遂径扑庐州，陷之。庐州者，安徽文武大吏之所侨寓以为省治者也。十一月，秀全以扬州、镇江攻围急，遣赖汉英等领江西众，纠合仪徽党援扬州；又令由安徽宁国湾沚进薄高淳湖，窥伺东坝，图解镇江之围，我军均击退之。寇复由三汊河进扑，死战不退。扬州寇曾立昌突出，与赖汉英同窜瓜洲。
上以寇扰长江，非立水师不能制其死命，乃命在籍侍郎曾国藩练乡勇、创水师讨寇。初，寇围南昌，城外寇垒仅文孝庙数座，官军屡攻不能克。郭嵩焘偶获谍讯之，则寇皆舟居，其垒则环三面筑墙而虚其后，专蔽舟楫而已。嵩焘因与江忠源议曰：“东南州县多阻水，江湖遇风，一日可数百里。官军率由陆路蹑寇，其势常不及。长江数千里之险独为敌有。且寇上犯以舟楫，而官军以营垒御之，求与一战而不可得，宜寇势之日昌也。”忠源即具疏请饬湖南北、四川仿广东拖罟船式，各造战舰数千，饬广东制备炮位以供战舰之用，并交曾国藩督带部署，奉旨允行。国藩遂治战船於衡湘，至是始成。共募水勇四千，分为十营；募陆勇五千，亦分十营。以塔齐布为军锋。国藩亲统大军发衡州，水陆夹江而下。
初，镇江、扬州、仪徵、瓜洲四处寇互相应援，不得破。十二月，琦善以扬州寇退，瓜洲势孤，督军攻复仪徵，乘胜追抵瓜洲。杨秀清遣胡以晃率党十馀万攻庐州，巡抚江忠源昼夜抵御，以众寡不敌，城陷，死之。四年正月，黄州寇张灯高会，总督吴文镕出其不意袭之，会大雪罢战。越数日，秀清分兵设伏山岗，命其党率城军扑营，文镕拒战，伏起火发，十三营皆溃，文镕死之。贼乘胜遂陷汉阳。二月，扬州军进剿瓜洲，总兵瞿腾龙阵亡。寇遣伪将孙寅山陷太平府，踞为巢。自瓜洲结垒属於江，以达金陵，往来不绝。秀清复遣石祥祯会汉、黄寇党溯江直上，陷岳州，溯流至铜官渚，逼近长沙。曾国藩邀之靖港，而寇已由间道袭湘潭，副将塔齐布率兵千三百同水师血战五昼夜，毙寇数万。论者谓微此战，寇溯湘源以达粤，直下金陵，首尾一江相贯注，大局不可支矣。
是月，参赞大臣僧格林沁攻克独流寇巢，静海寇复窜踞阜城。僧格林沁攻毁堆村、连村、林家场三处寇垒，擒杀伪指挥、监军以下一百馀人，悉遁入城。秀全念河北不能支，遣皖党由丰豆工偷渡黄河，窜山东金乡，进扑临清州，冀抒阜城之困。三月，寇以地雷陷城，寻为我军攻复，窜冠县、郓城，复据曹县，筑木城拒守。四月，胜保破其巢，追至漫口支河，逼溺水，伪丞相曾立昌、许宗扬皆溺死。伪副丞相陈世保已先於冠县烧毙，悉数歼除。踞阜城者即於是日全股南窜入连镇。僧格林沁及胜保会军合剿破之，诛林凤祥；复破之高唐州冯官屯，生擒李开芳，磔之京市。河北肃清，是后不复北犯，我军遂无后顾忧。
初，长江为寇往来道，荆州当四路之冲，至省道梗，特召荆州将军官文统军讨寇。时沔阳、安陆、荆门、监利、京山、天门均陷，进窥荆州。云南普洱营游击王国才奉调至，一战败之，重镇始安。并克复监利、宜昌，寇遁洞庭湖，合股犯常德府。先是李侍贤常与陈玉成、李秀成谋解金陵围，犯江西、福建。伪启王梁成先犯陕西，后与捻合，欲犯湖南、河南，而陈玉成志在武昌、汉阳，乃领一队入梁子湖达武昌，渡江分犯，以全力图武昌，六月，陷之，并踞汉阳。巡抚青麟自缢不死，弃城走，寻正法。秀全以秦日纲留守武昌，授玉成伪殿右十八指挥；还陷田家镇，破广济、黄梅，连陷九江，升伪殿右三十检点。