杨秀清虽在军，而金陵之事一决於己，驿骑络绎，多稽时日。向荣军孝陵卫，称江南劲旅，秀清忧之，既克武昌，遂驰还金陵，命石达开代守武汉。官文自荆州下剿，克沔阳。初，寇欲先取长沙，踞上游为破竹之势，而韦志俊略湘潭不得志，退踞岳州，筑垒毁桥，意图久抗。我军水师设伏诱败之，七月，复岳州。寇由城陵矶来犯，我军分五路迎击，毙伪丞相汪得胜等二人，获船七十六，歼贼千馀人。塔齐布阵斩悍酋伪丞相曾天养。闰七月，寇奔城陵矶，塔齐布策马率湘勇直入，毁营十三，毙二千人。陆军既胜，曾国藩饬李孟群率水师追剿，荆河东、西两岸寇垒悉夷。自此由荆入川，由岳州入湘，门户始固。初，武昌失陷，上以杨霈代总督，台勇克京山、安陆，复天门，生擒孔昭文等正法。馀皆下窜，踞沔阳州仙桃镇。是月破其巢，并收复下游孝感、黄州、麻城诸县。寇悉窜黄州。
时金陵寇分股啸聚於太平府，与镇江遥为应援。向荣分兵四队击之，毙其伪国宗韦得玲、伪检点陈贽见、伪将军李长有、伪总制吴春和，遂复府城。杨秀清自率战，围军不利，三路皆溃；退入城，谓韦昌辉等曰：“江南大营不走，吾辈无安枕日矣！现其势方锐，不可敌也。当乘其罢徐图之。”金陵寇以乏粮，驱妇女之老而无色者出城，听其自散。尽取年十五以上、五十以下之妇女，指配给众，不从则杀之，守志者多自尽，死者万计。八月，总督杨霈收复黄州府属蕲水、广济、罗田诸县。曾国藩自克岳州后，议乘胜东下，先与塔齐布会攻崇阳，克之，生擒伪丞相金之亨等十一人。惟廖二逃窜，复句结馀党，重失县城。国藩亲督水陆诸军攻武昌、汉阳。寇守城之法，不守陴而守险，洪山、花园两路皆精锐所在。大军自螺山下剿，杨载福等率水师，罗泽南率陆师，三路同进，连克寇垒，焚毁敌船数千。李孟群、塔齐布进薄武昌，寇宵遁。杨昌泗亦攻汉阳，克之。黄州府城、武昌县均收复。九月，提督和春败寇庐江，擒伪监军任大纲等十七名。
下游知官军分路进剿，乃由田家镇纠党六千馀，一由兴国分抄大冶以拒武昌军，一踞兴国以拒金牛军。罗泽南驰至兴国，败之，克州城。塔齐布赴大冶，击毙千馀。彭玉麟、杨载福抵蕲州，烧寇船九十馀艘。十月，楚军攻半壁山，寇置横江铁锁四道，拦以木牌，遍列枪炮。杨载福等率水师至田家镇，会陆师进攻，乘风纵火，破其垒，燔舟一万有奇。陈玉成弃蕲州窜陷广济，联合秦日纲、罗大纲等分扼要隘。塔齐布渡江追之，收复广济。寇退踞黄梅，黄梅为湖北、江西、安徽三省总汇之区。寇死拒，以万馀守小池口抗水师，以数万拒大河埔，以万馀紥北城外，又以数千游弋联络之。塔齐布与罗泽南登山下击兜杀，陈玉成縋城而逸，遂克黄梅。玉成自请罪，而秀成反加伪勋号曰成天裕。
时捻匪蜂起，粤寇与之联合，或令分扰，或令前驱，以牵制我军。秀成由庐州踞舒城，并扼桐城大、小二关，阻我南路之师。二关为安庆通衢，屡复屡失。京堂袁甲三檄参将刘玉豹、举人臧纡青等战夺两关，斩其目吴凤珠等十二名，进抵桐城。庐江寇纠安庆党来援，我军兜戮殆尽，而潜山援寇复至，臧纡青殁於阵。
十一月，国藩进军九江。玉成自黄梅败后，复纠安庆新到之众踞孔垅驿、小池口，与对岸九江相句连。李孟群七战七捷。塔齐布与罗泽南等由北岸进至濯港，进攻孔垅驿，破土城，纵火焚街市，寇无得脱者。小池口寇闻之，亦遁。乃调陆军攻九江，水师乘胜攻湖口，大纲趋救，大战梅家洲，毁小河簰船、沙洲桥垒。十二月，萧捷三率水师驰入鄱阳湖内，追至大姑塘。石达开联船为卡断其后，捷三不能返，遂与外江水师隔绝。达开潜以小舟驰袭国藩坐船，国藩跳入罗泽南营以免。大军之攻九江也，败寇收合溃散，分三道东陷黄梅。值岁除，潜至广济，火杨霈大营，霈突围出，不敢入武昌，走保德安。
五年正月，江苏巡抚吉尔杭阿克上海县，县自三年秋陷於贼，至是始复。秀全令皖寇大举犯湖北，中道自小池口沿江陷黄、蕲；复分党从富池渡江西，陷兴国、通城、崇阳、咸宁、通山，且掠江西武宁，所至胁众以行。湖北巡抚陶恩培甫莅任数日，时总督在外，未及议守备。城中兵仅二千，徵兵半途闻警皆溃去。湖北、江西方千里，旬日骚然矣。始寇之起，所行无留难。其踞省府，胁取民财米。行道掠人夫，不用则遣还，未尝增众。及屡败，乃结土寇屯城镇，颇收拔悍鸷者，而任用石达开、陈玉成等，极称得人之盛。自汉口进襄河，上犯汉川，扰沔阳，进犯武昌，踞汉阳府城。沿江筑垒，并於汉阳下南岸嘴高筑炮台，以阻下游之师。时江西寇入腹地陷饶州。国藩亲至南昌，修整内湖水师，与罗泽南陆军相依。