八月，寇陷慈谿，华尔复之，受创，寻卒。嵊县、新昌寇陷奉化。闰八月，奉化寇窥宁波，宗棠饬蒋益澧等进平兰谿裘家堰寇垒，毙伪元天福万兴仁、伪疌天福刘茂林等。罗埠踞寇伪戎天义李世祥乞降，益澧攻罗埠，世祥应之，破五垒。湖镇寇闻之遁，我军渡河破五星街。此皆龙游、汤谿要冲也。益澧屡攻汤谿不下，军多死伤。宗棠进营新凉亭，逼龙游城五里，饬益澧由罗埠进攻汤谿。刘典屯扼油埠、湖镇，以堵兰谿、金华援寇。
九月，鸿章会常胜军攻嘉定，克之。绍光及伪听王陈炳文复纠援寇十馀万，分道自太仓、昆山来犯，北由蟠龙镇至四江口，图据黄渡以当青浦；南由安亭至方泰镇，图入南翔。寻我军卻寇南翔，寇乃於三江口、四江口立左右大寨，设浮桥潜渡，困我水师；而青浦西北洋新泾、赵屯桥、白鹤江寇益蔓延，扰及重固镇张堰，距青浦十馀里。黄翼升率水师自青浦出冲敌舟，寇扼白鹤江不得进，别队犯黄渡，李鹤章会击败之。时四江口久被围，绍光屯吴淞江口，炳文踞南岸。鸿章督诸军至黄渡，分三路进击，自辰至未，屡冲不动。鸿章督战益急，诸军逾壕直逼寇营，学启炮伤胸，复裹创疾战，寇由南岸溃而北。四江营守将皆冲围而出，寇退昆山。我军毁其浮桥石卡殆尽，毙数万，夷垒二百座。寇自是不复窥松、氵扈，悉力坚守昆山、太仓，尤为苏州门户，寇所必争者也。
宁国再陷，寇复由句容进薄镇江，壁汤冈。冯子材督军破汤冈九垒，寇归青山老巢，乘胜拔之，窜还句容。初，伪护王陈坤书纠众四五万图犯金柱关，彭玉麟御之花津，五战皆捷。寻寇以战舰数百从东坝拖出，我军毁其浮桥，寇乃不敢渡河。至是悍寇结筏偷渡，屡逼金柱关，我军水陆大举，败之花山。寇遁上驷坡，而水师已先毁浮桥，寇回戈转斗，诸军合击，歼万馀。其窑头等处尚延袤百馀里，我军环攻，焚其垒。花津、清山、象山、采石矶诸寇巢悉数平毁。自是芜湖、金柱关六十里之间寇踪以绝。
时大营军士患疫方稍止，秀成亲率十三伪王，号称六十万，麕集金陵，东自方山，西至板桥镇，旗帜林立，直逼我军营垒，尤趋重於东西两隅。曾贞幹等击败之小河边城寇援，寇寻由东西两路进攻，分党趋洲上，抄出猛字等营后，我军分路击退之。寇之围逼西路者，历六昼夜，为我军击败。寇悉向东路，逼营而阵，潜通地道，百计环攻。各军将士负墙露立，掷火球击寇。寇负板蛇行而进，填壕欲上。我军丛矛击刺，寇拽尸复进，抵死不退。飞弹伤国荃颊，血流交颐，仍裹创上壕守御。侍贤自浙东来援，急攻吉后营炮台。国荃引军驰救，寇来益众，用箱匮实土排砌壕间，暗凿地道。我军以火箭攒射，随出锐卒击之，贼锋稍挫，遂毁西路寇垒。东路之寇环逼不已，嘉字、吉后两营地道轰发，寇拥入塌口，我军分路冲出决战，塌口以内之寇诛戮无遗。壕外寇复举旗督战，各营同出抄杀，寇精锐悉挫折。复於东路别开地道，西路决江水淹绝运粮之路。贞幹在高坡增筑小营，令水师驻双徬护饷道。我军凡破寇地道五处，寇计益穷。国荃乘势进拔十馀卡，破东路四垒，西南诸垒望风惊溃，追至南路牛首山一带，平垒数十座，搜剿至方山之西。雨花台守众句结城寇绝我军归路，我军左右荡决，寇分路而遁，重围始解。是役也，秀成自苏，侍贤自浙，先后围攻大营四十六昼夜。国荃率诸将居围中，设奇破之，弟贞幹力顾饷道，将士狞目髹面，皮肉几尽。
大营解围后，秀成仍屯秣陵关、六郎桥一带。侍贤谓秀成曰：“今江北方空虚，出其不料，驰攻扬州、六合，括其粮以济军；复分兵攻国藩於安庆，彼必分军驰救。我今屯秣陵、溧水之师，乘虚击之，鲜不济矣。”秀成纳之，别遣伪纳王郜永宽、伪对王洪元春等自九洑洲渡江，窜越江浦、浦口者五六万。洪元春陷巢县、含山、和州，遂踞运漕镇、铜城徬、东关各隘，知无为州米足兵单，径扑州城。提督萧庆衍攻运漕、铜城，会彭玉麟水师焚毁三石卡，进破运漕镇，连覆陶家嘴、昆山冈寇垒，绕出铜城徬后。徬口寇冲围而出，冈东、徬西寇皆遁走。国荃遣军守东西梁山顾江隘，令李昭庆带五营自芜湖北渡援无为，以保皖南各军运道。国藩调李续宜、毛有铭移防庐州。赖文鸿、古隆贤等自广德、宁国窜入旌德，总兵朱品隆败之，解围去。其攻泾县之寇，亦被援军击退。先是昌化寇率众数万窜入绩溪，冀绝旌德防军粮路。唐义训会浙军克之。