国荃进军江宁镇，屯板桥，潜袭秣陵关，进破大胜关、三汊河，直抵雨花台军焉。江北浦口、六合败寇悉聚江边，李世忠蹙之，渡还九洑洲。江北肃清。五月，伪什天安建瀛统众聚南汇，与淋天福刘二林屡为秀成养子所凌，至是来降，我军整队入城。秀成养子方踞金山卫，来犯，复纠川沙寇回扑，复为我军所败，直逼川沙。寇由海塘窜出，遂复川沙，进攻松江。寇逼泗泾，防军游击林丛文败退北门。华尔由青浦回援，鸿章令程学启扼虹桥，分青浦、松江后路。寇陷湖州，福建粮储道赵景贤拔刀自刎，贼夺之，囚一年馀，秀成礼待之极厚，终日骂不绝口，谭绍光举枪一击而殒。
初，寇围逼松江，鸿章以松江扼青浦东、西之中，为最要地，自赴新桥，令程学启时出兵缀寇。寇初营西门妙严寺土城，华尔以炮毁之。寇复攫据之，增筑炮台，环合四门。常胜军战寇窦福滨，城军乘夜分门出击，寇窜遁。乃简精卒破天马山寇营，突入青浦，尽焚辎重。寇死战，并力守松江。其分屯广福林及泗泾之寇，鸿章进击败之。寇遁入营，断桥以拒。刘铭传等克奉贤，陈炳文、郜云官等率众数万围新桥程学启营，填壕拔鹿角，学启不及以枪炮御，掷砖石击之，寇藉尸登壕，学启开壁突击，寇始卻，而分股逾新桥逼上海。鸿章将七营往援，大破之，追至新桥，学启大呼夹击，寇解围遁。陈炳文、郜云官皆负伤窜走。进军泗泾，寇大溃，尽烧其垒。广福林、塘桥寇亦退。上海、松江俱解严。
初，李世忠遣军自六合通江集南渡，连破石埠桥、龙潭、东阳寇垒，寇悉遁句容。自是九洑洲寇外援尽绝。秀全遣江宁寇大攻石埠桥曾玉梁垒，世忠遣义子李显发往援，入垒会守。陈坤书自句容进攻龙潭、东阳诸垒，守军黄国栋等退并石埠，而寇攻益急，显发会水师力战，尽平其垒，解石埠围。时李秀成自松、沪败还，谋连合杭、湖寇众救援江宁。秀全遣悍党二万攻大营，国荃设伏败之。连日宗棠督军攻衢州，东、南、北三路寇垒皆尽。
初，秀全以大军骤逼城下，日出扑犯，辄被创，趣浙酋李侍贤、苏酋李秀成还救江宁，而宗棠攻衢州，与李侍贤相拒遂安、龙游间。鸿章新克松江厅县，秀成奔命未遑，乃与诸党议曰：“曾国荃兵力厚集於金陵，为久困之计。我势日蹙，不如先围宁国、太平，断其后路。我军势既振，敌乃可图也。”秀全以久困，虑粮不继，仍促其入援。秀成不得已，乃先遣悍党数万自苏西援。时宁国馀寇窜并江宁，屯於淳化镇者亦不下二万馀。六月，宗棠自衢州进军龙潭。侍贤自遂安败后，复纠合金华及温、处悍党，分屯南岸湖镇、罗埠，北岸兰谿之永昌、太平、祝家堰、诸葛村、孟塘、油埠、裘家堰。宗棠驻潭石望，距城十五里，遣眭金城会刘培元驻城西圭塘山，屈蟠、王德榜驻紫金旺，崔大光驻城北对河茶圩，刘典驻高桥。先是李侍贤侦我军平衢州寇垒，将进军龙游，纠党潜趋兰谿、严淳，乘虚袭遂安，为就粮江、浙断我饷道计。宗棠遣军大破之，寇由寿昌退还金华。七月，我军进败龙游寇，毁兰谿、油埠寇屯，阵斩伪骏天义邓积士等。宣平、处州、馀姚、寿昌均以次收复。
是时杨辅清纠众十馀万窜踞宁国府城，复分党屯聚团山、寒亭等处，阻我进兵之路。鲍超饬将卒扑寒亭，寇出巢猛拒，总兵宋国永横跃入阵，伏起扼归路，寇惊溃，平寒亭管家桥、楠家甸、狮子山寇馆数十处，寇垒三十五座。伪卫王杨雄清纠合馀众遁回宁郡。辅清闻寒亭战败，即纠党绕城结垒，延三十馀里。鲍超进壁乌纱铺，饬娄云庆设伏望城冈，以轻兵诱寇。寇以我兵寡，直压山冈而下，我军张两翼却之。寇见旌帜遍山谷，误为援寇，反斗中伏，我军复断其后，毙无算。望城冈及抱龙冈十数村皆平。寇复阴结别股筑垒坚拒，鲍超率各军逼垒而营。各伪王出大队於南、北两门夹攻，鲍超分军进搏，寇败走浮桥，我军焚桥截杀，无得脱者。寇复收馀烬，再战再败，辅清单骑脱走。立收宁国府、县二城。初，辅清闻超军至，数遣使乞援於江宁，秀全遣伪保王洪容海率悍寇赴之，容海者石达开死党也，既至，慑超威，乞降，超许之，而郡城已克。容海奔广德，袭献州城，率众六万就抚，复本姓童。
江宁援寇大举犯垒，分二十馀队牵掣各军，而以锐卒突雨花台。国荃拔卡纵击，大破之，解围去。潘鼎新等会克金山卫城，地界江、浙，为浦东门户，至是一律肃清。是月鸿章督诸军会攻青浦，克其城。谭绍光方踞湖州，闻青浦已失，恐官军蹑其后，乃合嘉、湖、苏、昆寇犯松、沪西北，进窥青浦，学启会水师击却之。寇攻北簳山垒不获逞，遂东趋攻北新泾，北新泾为上海西路之蔽，防军大战却之。寇分窜法华，逼上海。鸿章调诸军自金山卫、青浦、松陵回援，悍寇二万围官军，学启战逾时，寇大溃。北新泾之寇凭河据垒，伏左右以待我军。鸿章亲督阵，与学启军合，尽毁寇营，绍光遁嘉定。上海危而复安。