三月，李元度败寇於江山碗窑，再败小青湖援寇。江山贼进陷峡口闽军曾元福垒，踞之，连营数十里。宗棠自常山遣军进剿。林文察之克遂昌也，寇并聚松阳，蔓延云和、景宁，寻以次击退，进规处州，破寇松阳平港头寇垒，寇奔处州碧湖。上年国藩檄鲍超平青阳城外寇垒，作长围困之。伪奉王古隆贤潜纠浙江死党三万馀人进扑铜陵，分我军势。超率援军尽扫横塘等处百馀卡三十六垒。古隆贤侦知大军北出，阴统泾、太悍寇筑九垒於青阳猪婆店阻我师，以通粮道。適超凯旋，进逼青阳，克之。
国荃既募湘勇回安庆，国藩饬令攻取巢县、含山、和州、西梁山等处，以为欲制寇死命，先自巢始，遂进屯县城东北。刘连捷等赴望山冈以扼南路，寇乘我垒未定来犯，拒败之。初，寇踞江岸以北，上援庐州，下卫江宁，分布坚城，拒守要塞，通上下之气，杜我进兵要路。至是攻破巢县铜城闸、雍家镇，旋收巢县，复含山，再会水师大破裕溪口寇屯。
寇之踞金陵也，以全力扼东西梁山，两山对峙，大江至此一束，水急流洄，视小孤山尤为形胜。国荃以此关为金陵锁钥，循江上逼西梁山而阵。寇走江州，水陆争起搏击，遂克之。自是金陵重镇已失其半。伪匡王赖文鸿窜繁昌县，纠约踞寇扑我三山峡营。曾贞幹乘寇未逼，督军分道驰剿，寇大乱，殪其渠吴大嘴，遂克繁昌。芜湖援寇潜屯鲁港以图抗拒，贞幹会同水师夺其船百馀艘，夷三垒十馀卡，馀悉遁芜湖；贞幹督各军驰抵南陵，立复其城。鲍超既克青阳，议先取石埭、太平以固徽州之防，继取泾县以达宁国之路；乃分军五路，由龙口直抵石埭，寇矢石交下，总兵娄云庆从西、北二门攻入，立复县城。寇大惧，纠集南陵援寇大至，屯甘棠镇阻我师。我军分三路进击，破十七垒，遂复太平，擒斩伪主将徐国华等三十七人。先是超攻青阳时，有伪佐将张遇春率众万馀乞降，超纳之，令暂屯景德三谿。至是太平贼寇将北走，张遇春骤起歼之。超回军挟之，进攻泾县，复其城，遂东渡清弋江，进规宁国。
李侍贤自陷常山，与龙游寇同扑衢州，总兵李定泰等败之，复常山，解衢州之围。宗棠驰至常山，攻克招贤关，以通衢州粮道。其扑江山之寇，檄李元度会攻石门花园港寇巢，毁十四垒，寇势不支，乘夜向台州潜遁。是时杨辅清由淳化犯遂安，宗棠自常山进屯开化图之，寻遣刘典进攻遂安；辅清退走淳安、昌化，窜皖南犯宁国。四月，仪徵寇败后，窜扰沙漫洲等处，水师击走之，扬境肃清。浙军会民团克复台州仙居、黄岩、太平、宁海，缙云、乐清、慈谿等县，擒斩延天义李元徕，伪王李洪藻、李遇茂，伪主将李尚扬。寻进克宁波府镇海、青田二县。台、处寇上窜温州，踞太平岭及任桥、瞿谿，寻分窜瑞安，张启煊营陷，退守县城。楚皖军会克庐州，秀成窜扰苏、常，玉成则盘踞皖、楚之交。
自大军克复安庆，玉成率党自石牌而上，调宿松、黄梅之寇同至野鸡河，欲赴湖北德安、襄阳招集其党，群酋不从，乘夜由六安走庐州，众渐携贰。秀全复督责甚切，玉成惧，力守庐州不敢走，皖、楚诸军困之，日盼外援。而颍郡解围后，伪扶王陈得才西窜，伪天将马融和随张洛行远遁，外援遂绝。多隆阿与皖军张得胜设伏诱贼出战，两军合击，寇大败，遂克府城，诛伪官二百十三名。玉成奔寿州，尚有死党二千，以苗沛霖阴受伪封，往乞援；沛霖缚之，献颍州胜保大营，并擒伪导王陈士才、伪从王陈德、伪统天义陈聚成、伪天军主将向士才、伪虔天义陈安成、伪祷天义梁显新，及亲随伪官二十馀，并正法。秀成闻玉成死，顿足叹曰：“吾无助矣！”玉成凶狠亚杨秀清，而战略尤过之，军中号“四眼狗”。自玉成伏诛，楚、皖稍得息肩，而金陵势益孤矣。
民团克宁海、象山、奉化。李世忠大破寇於六合八步桥，寇窜滁州来安，又大败。寇势大馁。华尔等克柘林，谋捣金山卫。知府李庆琛攻太仓，秀成率伪听王陈炳文、伪纳王郜云官来援，逼青浦。李恒嵩失利，退走塘桥。嘉定、宝山皆震。寇别队由娄塘攻陷嘉定，英、法二提督及我军突围走上海。鸿章饬军驻法华镇，扼沪西，寇遂逾青浦，迳逼松江。秀全自窜踞金陵，以东西梁山为锁钥，以芜湖为屏蔽，而尤以金柱关为关键。自国荃破太平府，彭玉麟破金柱关，黄翼升往袭东梁山一战而下，贞幹循江进克芜湖，提督王明山等复攻破烈山石垒，未逾三日，上下要隘悉为我有。从此上而宁国，下而江宁，寇均失所恃矣。