十月，秀全於南门外得伪玉玺，称为天赐，胁众呼万岁。遂夜渡湘水，由回龙塘窜宁乡，抵益阳。掳民船数千，出临资口，渡洞庭，陷岳州。城中旧储吴三桂军械，至是尽以资寇。寇入长江，旬日间夺五千艘，妇孺货财尽驱之满载。秀全驾龙舟，树黄旗，列巨炮，夜则张三十六灯，他船称是，数十里火光不绝如昼，遂东下，十一月，陷汉阳。十二月，攻武昌。时杨秀清司军令，李开芳、林凤祥、罗大纲掌兵事。值武汉二江届冬水涸，乃掳船作浮桥，环以铁索，直达省城，分门攻之。向荣驰至，约城内夹攻，巡抚常大淳虑城启有失，不许。地雷发，城遂陷。秀全出令，民人蓄发束冠巾，建高台小别山下，演说吊民伐罪之意。
三年，上以赛尚阿久无功，授两广总督徐广缙为钦差大臣。时石达开攻武昌，广缙逗留岳州不敢进，上责其罪，更以向荣为钦差大臣，日夜攻之急，寇弃武昌驾船东下，众号五十万，资粮、军械、子女、财帛尽置舟中，分两岸步骑夹行，进向九江，下黄州、武昌、蕲水等十四州县；抵广济县，下武穴镇。两广总督陆建瀛率兵二万馀、船千五百艘上溯，遇寇不战而走，前军尽覆，建瀛狼狈还金陵。寇薄九江而下，收官军委弃炮仗，破安庆，巡抚蒋文庆死之。寇夺银米无算，水陆并进，抵金陵，沿城筑垒二十四，具战船，起新州大胜关迤逦至七洲里止，昼夜环攻，掘地道坏城，守兵溃乱。建瀛易服走，为寇所戕。将军祥厚偕副都统霍隆武等守满城，二日城陷，皆死之。城中男女死者四万馀，阉童子三千馀人，洩守城之忿。
秀全既破金陵，遂建伪都，拥精兵六十馀万。群上颂称明代后嗣，首谒明太祖陵，举行祀典。其祝词曰：“不肖子孙洪秀全得光复我大明先帝南部疆土，登极南京，一遵洪武元年祖制。”军士夹道呼汉天子者三，颁登极制诰。大封将卒，王分四等，侯为五等。设天、地、春、夏、秋、冬六官丞相为六等，殿前三十六检点为七等，殿前七十二指挥为八等，炎、水、木、金、土正副一百将军为九等，炎、水、木、金、土九十五总制为十等，炎、水、木、金、土正副一百监军为十一等，前、后、左、右、中九十五军帅为十二等，前、后、左、右、中四百四十五师帅为十三等，前、后、左、右、中二千三百七十五旅帅为十四等，前、后、左、右、中一万一千八百七十五卒长为十五等，前、后、左、右、中四万七千五百两司马为十六等；又自检点以下至两司马，皆有职同名目。其制大抵分朝内、军中、守土三途：朝内官如掌朝门左右史之类，名目繁多，日新月异；军中官为总制、监军、军帅、师帅、旅帅、卒长、两司马，凡攻城略地，尝以国宗或丞相领军，而练士卒，分队伍，屯营结垒，接阵进师，皆责成军帅，由监军总制上达於领兵大帅以取决焉，其大小相制，臂使指应，统系分明，甚得驭众之道；守土官为郡总制、州县监军、乡军帅、乡师帅、乡旅帅、乡卒长、乡两司马，凡地方狱讼钱粮，由军帅、监军区画，而取成於总制，民事之重，皆得决之。
自都金陵，分兵攻克府、厅、州、县，遂即其地分军，立军帅以下各官，而统於监军，镇以总制，监军、总制受命於伪朝。自军帅至两司马为乡官，乡官者以其乡人为之也。军帅兼理军民之政，师帅、旅帅、卒长、两司马以次相承，皆如军制。此外又有女官，曰女军师、女丞相、女检点、女指挥、女将军、女总制、女监军、女军帅、女卒长、女管长，即两司马也，共女官六千五百八十四人。女军四十，女兵十万人，而职同官名目亦同。总计男女官三十馀万，而临时增设及恩赏各伪职尚不在此数也。
其军制，每一军领一万二千五百人，以军帅统之，总制、监军监之。其下则各辖五师帅，各分领二千五百人。每师帅辖五旅帅，各分领五百人。每旅帅辖五卒长，各分领百人。每卒长辖四两司马，每两司马领伍长五人，伍卒二十人，共二十五人。
其阵法有四：曰牵阵法。凡由此至彼，必下令作牵阵行走法。每两司马执一旗，后随二十五人。百人则间卒长一旗，五百人则间旅帅一旗，二千五百人则间师帅一旗，一万二千五百人则间军帅一旗，军帅、监军、总制乘舆马随行。一军尽，一军续进。宽路则令双行，狭路单行，鱼贯以进。凡行军乱其行列者斩。其牵线行走时，一遇敌军，首尾蟠屈钩连，顷刻岔集。败则闻敲金方退，仍牵线以行，不得斜奔旁逸。曰螃蟹阵。乃三队平列阵也。中一队人数少，两翼人数多。其法视敌军分几队，即变阵以应之。如敌军仅左右队，即以中队分益左右，亦为两队。如敌军前后各一队，则分左右翼之前锋为一队，以后半与中一队合而平列，为前队接应。如敌军左右何队兵多，则变偏左右翼以与之敌。如敌军分四五队，亦分为四五队次第迎拒。其大阵包小阵法，或先以小队尝敌，后出大阵包之；或诈败诱敌追，伏兵四起以包敌军，穷极变化。至於损左益右，移后置前，临时指挥，操之司令，兵士悉视大旗所往而奔赴之，无敢或后。曰百鸟阵。此阵用之平原旷野，以二十五人为一小队，分百数十队，散布如星，使敌军惊疑，不知其数之多寡。敌军气馁，即合而攻之。曰伏地阵。敌兵追北至山穷水阻之地，忽一旗偃，千旗齐偃，瞬息千里，皆伏地不见。敌军见前寂无一卒，诧异徘徊。贼伏半时，忽一旗立，千旗齐立，急趋扑敌，往往转败为胜。