《孝宗实录》出于焦芳之手，芳佞臣，谄事刘瑾，好恶任情，是非倒置。《明史》卷三〇六《焦芳传》：
其总裁《孝宗实录》，若何乔新、彭韶、谢迁皆肆诬诋，自喜曰：“今朝廷之上，谁如我直者。”
《梦余录》卷一三：
朱阁学国祯云：正德四年，《孝宗敬皇帝实录》成，时焦芳操笔，褒贬任意，叶盛、何乔新、彭韶、谢迁天下所称正人，皆肆诋诬。嘉靖元年御史卢琼奏，《孝宗实录》多焦芳曲笔，乞改正。上曰：“焦芳任情，天下自有公论，不必改修。”
《野获编补遗》卷一重修国史条：
《太祖实录》，建文一修，永乐两修，盖以初本及续纂俱未允也。然而真是非愈不可问矣。嗣后直至嘉靖元年，御史卢琼建议：“《孝宗实录》成于焦芳之手，贤否混淆，是非颠倒，乞乘今纂修《武宗实录》，并令儒臣改撰。”上曰：“《孝宗录》虽焦芳笔削任情，但当时大政大议及人才忠邪，天下自有公论，不必改修。其系一人一事者，令纂修官因事别白之。”盖大典既定，恐改述者仍踵前辙，复任私意，上虑远矣。
后王世贞于所著《史乘考误》中，纠其曲笔，世宗所谓“天下自有公论”也。如录谓何乔新逼父自裁，世贞纠之云：
史于何文肃公乔新卒条下，谓：“景泰初易皇储草诏，大学士陈循起句云：‘天降下民作之君’，时吏部尚书何文渊适在侧，即应声曰：‘父有天下传之子’。迨天顺改易，与谋者多斥罢。乔新时为刑部主事，因见黄竑、徐正处以极刑，恐祸及己，乃贻书劝其父引决，文渊果自尽，士论耻之。”此亦焦泌阳（芳）怼笔也。正德中柄史者力为辩其诬。然考之《天顺录》云：“致仕后，上复位，革宫保。文渊自以与议易太子，首发父有天下之言，虑有奇祸。时副都御史陈泰左迁广东按察副使，道经广昌，人有传来抄提文渊者，惧即自缢。后为人所奏，差官启椁验之果然。”则劝文渊引决之说诬，而自尽之说实也。野史以为出江渊，大概以文势考之，恐先有“父有天下传之子”，而借“天降下民作之君”以对之耳。又文渊以四月卒，而黄竑、徐正以五月诛，大抵未可信。
又诋彭华为阴险无将，世贞以为芳与华有私怨，故丑诋之。《史乘考误》卷七：
史谓：“彭文思华为人险谄用数，深机莫测。阿李贤，嗾御史劾李秉，排邢华、陈鉴，构尹龙之狱，附李孜省以进，人至今犹讲‘三千馆阁荐彭华’，大为耻笑。自成化丙午至弘治丁巳风瘫十二年而卒，人以为阴险无将之报。”盖出焦芳笔也。焦以尹龙事坐谪桂阳，云出华意，故怨之刻骨，而谤詈甚苦若此。华虽由李孜省荐，生平之与尹直，俱在是非间，不应至此。
又以与官谢迁不相得，遂于录中力攻之。《史乘考误》卷六：
弘治元年太监郭镛请预选女子于宫中，或诸生馆读书习礼，以待服阕之日，册封二妃，广衍储嗣。左春坊左庶子兼翰林侍读谢迁言：“六宫之制，固所当备，而三年之爱，岂容顿忘。今山陵之工未毕，谅闇之痛犹新，奈何遽有此事？”下礼部议止之。焦泌阳执史笔，以为谢公进此谀词献谄，以误孝庙，继嗣之不广，皆此邪谋启之。又云：“古者诸侯尚一娶三姓而备九女以广继嗣，孝庙以万乘天子，独不得立三宫可乎？小人图势利而不为国谋如此！”泌阳之忿笔，盖阴刺中宫之擅夕，而讥谢公之从谀也。殊不知上春秋甫十九，中宫仅逾年，何以有擅夕之声于外？而谢已逆知权之在中宫而从谀之？且谢以山陵未毕，谅闇尚新为词，其义甚正，胡可非也。小人哉泌阳！其无忌惮一至此！
程敏政为李贤婿，芳则李门客，敏政坐累废，芳遂于录中力为敏政掩覆，而诋刘健、谢迁、傅瀚。《史乘考误》卷七：
史谓：“傅瀚欲攘取内阁位，嗾监生江溶奏大学士刘健、李东阳，既而恐事泄，乃嫁祸于程敏政，谓敏政实代瑢草疏，以触当道之怒，而敏政之祸自此始矣。后瀚果代敏政位，白昼见鬼入室，又数见怪异，因忧悸成疾，逾年死。时刘健当国，既偏溺于恚怒，莫之能辨。适大学士谢迁，谕德王华俱有憾于敏政，尝发其事，而都御史闵珪与迁、华皆同乡，乃嘱珪及科道数辈内外并力交攻，罗织成狱，而华昶之甘心鹰犬者，不足道也。顾当时刘健，谢迁徒欲杀人灭口以避祸，曾不思亏损国体，沦丧元气云云。”按傅文穆（瀚）有倾程之意，人亦知之。至于家僮鬻题事已彰著，且与刘、谢不相关。盖焦芳，李南阳门客，程其婿也，故颇为掩覆。而刘与傅皆与芳有隙，故肆其丑诋如此。