明成祖于建文所修之太祖实录，一改再改，其用意在适出一事。盖懿文太子薨，则其伦序犹在秦、晋，若洪武之末，则秦、晋二王己薨，自谓伦序当立，籍以文其篡逆之名也，并引周王为五人同母者，盖燕、周本同母也。《明史·黄子澄传》曰：“周王，燕王之母弟，削周是翦燕手足也。”此初修本之仅存者。解缙奉诏再修，尽焚原草，而独存此数语者，盖缙等欲取媚成祖，遂谓懿文太子，秦、晋二王皆诸妃出，唯燕、周二王同为高后生，以证立嫡立长，礼之所宜。是则缙之所谓同母，乃母高后，与子澄传中同母之语，词同而意异矣。缙之得罪在永乐九年，时必有谮之于成祖者，谓“懿文庶出之语，骇人听闻，修实录者留此罅漏，以滋天下后世口实”。于是成祖并疑李景隆、茹瑺心术不正（语见沈氏《野获编》），乃于九年复命姚广孝、夏原吉等为三修之役，而杨士奇等主之，因自懿文太子以下五人悉系之高后所出，遂为定本。而忘却子澄“同母”一语，自相矛盾，未及追改，又入之《永乐实录》中，而燕、周二王之为庶出，反成铁证，是目论不自见其睫者也。
燮又据《永乐实录》，证明《太祖实录》三修本，凡于成祖后来帝业有关处，都为二修、三修时所伪撰窜入，以为成祖之篡夺，乃出高祖之遗意之张本。其言曰：
家藏《永乐实录》，系京师所购之钞本全帙，撰《通鉴》时详加校阅。成祖自受封燕王以及防边之命，靖难之由，无不与所改之《太祖实录》先后同符。《永乐实录》中有“皇考本欲立联”语，则预改《太祖实录》东阁门召谕群臣，增入“国有长君，吾欲立燕王”，又增入刘三吾对“置秦、晋二王于何地”语；以肃清沙漠为一人之功，则预于《太祖实录》中窜入“晋王无功”及“欲构陷成祖”之语；三十一年防边，与辽王并命，成祖欲以节制之师为易储之券，则于《太祖实录》中增入“五月帝命杨文、郭英从辽王备御开平，俱听燕王节制”之语（原文“命杨文听燕王节制，郭英听辽王节制”。不谓辽王亦同在燕王节制中也）。“太祖不豫，遣中使召王，至淮而返”，语具《永乐实录》，复又于《太祖实录》中窜入“敕符召燕王还京师，至淮安，用事者矫诏却还”，及“帝临崩，犹问燕王来未？”之语。种种伪撰，无非欲以《太祖实录》为之张本，此再修、三修之所由来也。
综上所述，自沈景倩以下，对于《太祖实录》再修、三修之用意，各为一面之阐究。合而论之，盖重修之故，固一以建文遗臣之指斥，一以欲隐太祖生前之过举，一以歌颂靖难之举之为应天顺人。而其最重最要者，实为“适出”及伪撰太祖本欲立燕王之故事，以自解于天下后世也。二修实录之着重“适出”一事，解缙于《进实录表》中明明道出，详具后文。
《太祖实录》之第一次纂修，姜清《姜氏秘史》卷二记：
己卯建文元年春正月，敕修《太祖高皇帝实录》。以礼部左侍郎兼翰林院学士董伦、右侍郎兼翰林院学士王景彰为总裁官，太常寺少卿廖昇、翰林院侍读学士高逊志为副总裁官，翰林院修撰国子监博士王绅、陕西汉中府学教授胡子昭、齐府审理副杨士奇、江西崇仁县训导罗恢、云南马龙他郎甸长官司吏目程本立等为纂修官。给大官馔，宠眷有加。
据《秘史·程本立传》，时同纂修者又有礼部郎中夏正善，史官钱塘高让、庐陵吴勤、赵友士、端孝思、张秉彝、唐耕，修撰李贯，编修吴溥、杨溥、杨子荣、刘嵚，侍书刘彦铭等。据《明史》卷一四三《程通传》，又有叶仲惠，以直书靖难事为成祖所族诛，传言：
叶仲惠，临海人，与兄夷仲并有文名，以知县征修《太祖实录》，迁知南昌府。永乐元年坐直书靖难事，族诛。
沈景倩记“文皇帝新即位，以前任知府叶仲惠等修太祖录，指斥靖难君臣为逆党，论死籍没。”知永乐元年以初修案被诛籍没者除叶仲惠外，尚有多人，然以史文缺乏，其姓名已不可考矣。
成祖即位后，即诏重修《太祖实录》，《明成祖实录》卷一三：
洪武三十五年（1402）十月己未，修《太祖高皇帝实录》。敕太子太师曹国公李景隆、太子太保兼兵部尚书忠诚伯茹瑺曰：“比者建文所修实录，遗逸既多，兼有失实，朕鉴之诚有歉焉。今命儒臣，重加纂修，务在详备，庶几圣德昭明，垂裕万世。尔景隆，国之懿戚，自少暨壮，服事皇考，庙谟睿略，多所闻知，今特命尔监修。瑺，祗事先帝，多历年载，信任弥笃，当时圣政，亦所悉焉，其为之副。当端乃心，悉乃力，用著成一代之盛典，岂不唯仰答先朝宠遇之厚，亦以副予惓惓之孝。钦哉！”